无土栽培消费中经常使用自来水和井水作为水源，有些中央还能够经过搜集温室或大棚屋面的雨水来作为水源。终究采取何种水源，可视外地的状况而定，但在运用前都必需经由剖析化验以肯定其适用性若何。
假如以自来水作为水源运用，因其价钱较高而进步了生产成本。但因为自来水是经由处置的，契合饮用水规范，因而作为无土栽培消费的水源在水质上是较有保证的。
假如以井水作为水源，要思索到外地的地层构造，开采出来的井水也要经由剖析化验。
假如是经过搜集雨水作为水源，因降雨进程会将氛围中的灰尘和别的物资带入水中，因而要将搜集的雨水廓清、过滤，需要时可参加沉淀剂或别的消毒剂停止处置。假如外地空气污染严峻，则不可以应用雨水作为水源。一般而言，假如外地的年降雨量超越1000mm以上，则能够经过搜集雨水来完整知足无土栽培消费的需求。
有些中央在展开无土栽培消费时也用到较为洁净的水库水或河水作为水源。要特殊留意不可以应用流经农田的水作为水源。在运用前要经由处置及剖析化验来肯定其能否可用。
