一、形态不同
柠檬薄荷整株比较光滑，带有黄色腺体点缀，颜色基本为深绿色，叶缘有锯齿状。食用薄荷大多为纤细的须根及水平匍匐根状茎，叶片为长圆状披针形，颜色为绿色，边缘有牙齿状锯齿。
二、种类不同
柠檬薄荷为唇形科植物，是一种多年生草本植物，种类上仅有一种。而食用薄荷种类有多种，例如像比较常见的亚洲薄荷、荷兰薄荷、胡椒薄荷、留兰香薄荷，土薄荷，苹果薄荷等。
三、气味不同
柠檬薄荷浅绿色枝叶十分美观，只要轻轻一揉就会散发出一阵阵柠檬的香味。而食用薄荷因品种繁多，香味也是各不相同，例如有苹果味、清凉的特殊的薄荷香气等。
四、作用不同
柠檬薄荷具有非常高药用价值，能保肝利胆、镇痛、抗菌、抗炎等疗效。食用薄荷具有医用和食用双重功能，全草可入药，能有效治疗感冒发热喉痛，头痛，目赤痛，肌肉疼痛、皮肤瘙痒等症状。
